Lightbox系のライブラリとして任意のJavaScriptライブラリを使ってもOKなShadowbox.js。
非常に便利でおすすめ。私はprototype.jsをよく使うのでそれと併せています。jQuery対応のものばかりで肩身が狭いですが。

Shadowbox.jsの仕様として、下記のようにheadタグ内のscriptタグで初期化する必要があります。

//日本語表示、画像とHTMLをレンダリング対象とする
Shadowbox.init({language : "ja", player: ["img", "html"]});

このためAjax.Updaterなどで部分的に反映された要素はShadowbox.jsのイベントハンドラ登録が行われていない状態です。

そこで、下記の要領でAjax.Updaterを使用後に再度イベントハンドラ登録を行うと要素の更新後もShadowbox.jsを利用できます。

私の場合はForm.EventObserverと併用しているので、その中でcallしているAjax.Updater内に記述しています。

new Ajax.Updater(id, 
	url,
	{
		asynchronous:true,
		evalScripts:true,
		onComplete:function(request){
			//その他の処理
			//最後にイベントハンドラの登録をし直す
			Shadowbox.setup();
		}, 
		onLoading:function(request){
			//その他の処理
			//現在のイベントハンドラをすべてクリア
			Shadowbox.clearCache();
		},
		parameters:value
	})

prototype.js以外のライブラリを使用している場合も、同様にonCompleteやonLoadingに相当するイベントにフックさせれば大丈夫だと思います。

参考:

Shadowbox.js API

追記 2010.01.04

IE6, IE7の場合、Shadowbox.clearCache()を呼ばず、Shadowbox.setup()のみ呼び出すと
正常に動きます。原因はソースを追ってみないとわかりませんが、とりあえず。

また、Shadowbox.setup()の呼び出しタイミングはCGIから返されるHTMLの末尾でscriptタグ内に記述した方が良いです。
DOMのロードとJavaScript実行のタイミングを調整するためです。